Timur là một người theo Hồi giáo Sunni, có thể thuộc trường phái Naqshbandi, có ảnh hưởng ở Transoxiana. Cố vấn tôn giáo chính thức của ông là học giả Hanafi 'Abdu' l-Jabbar Khwarazmi. Tại Termez, ông đã chịu ảnh hưởng của người thầy tâm linh Sayyid Baraka, một thủ lĩnh từ Balkh, người được chôn cùng Timur ở Gur-e-Amir.

Timur được biết đến là người coi trọng Ali bin Abu Talib và Ahl al-Bayt và đã được nhiều học giả ghi nhận vì lập trường "thân Shia". Tuy nhiên, ông cũng trừng phạt những người Shia vì đã xúc phạm ký ức của Sahaba. Timur cũng được ghi nhận vì đã tấn công người Shia với chủ nghĩa xin lỗi của người Sunni, trong khi đôi khi ông cũng tấn công người Sunni do vấn đề tôn giáo. Ngược lại, Timur đánh giá cao vua nhà Seljuk Ahmad Sanjar vì đã tấn công người Ismaili tại Alamut, trong khi cuộc tấn công của chính Timur vào người Ismaili tại Anjudan cũng tàn bạo không kém.